Retrony umożliwiają edycję genomu w 15 gatunkach bakterii

A22182

Wielolaboratoryjne konsorcjum badawcze opracowało uniwersalny zestaw narzędzi do edycji genomu bakterii oparty na retronach (retron-mediated recombineering). Retrony — bakteryjne elementy genetyczne kodujące odwrotną transkryptazę, powiązane z systemami obronnymi prokariontów — połączono z białkami wiążącymi jednoniciowy DNA (single-stranded DNA, ssDNA), tworząc tzw. rekombitrony (recombitrons). Narzędzia te umożliwiają precyzyjne wprowadzanie zmian w chromosomie bakteryjnym na drodze rekombinacji […]

Czytaj więcej

Modyfikacje komórek poprawiają dostarczanie edytorów genomu

A22233

Naukowcy z Whitehead Institute for Biomedical Research we współpracy z Broad Institute of MIT and Harvard opracowali metodę przeszukiwania całogenomowego (genome-wide screening) w komórkach producenckich zmodyfikowanych cząstek wirusopodobnych (engineered virus-like particles, eVLP). Metoda ta pozwoliła zidentyfikować geny wpływające na wydajność wytwarzania eVLP — niereplikujących się nośników opartych na białkach wirusowych, które służą do dostarczania narzędzi […]

Czytaj więcej

Gyraza bakteryjna rozpoznaje DNA przede wszystkim po jego kształcie

A22230

Nowe badanie opublikowane w Nature Communications pokazuje, że gyraza DNA (DNA gyrase) z Escherichia coli wybiera miejsca wiązania na chromosomie nie tyle na podstawie sekwencji nukleotydowej, ile na podstawie fizycznych właściwości heliksu — jego elastyczności, zdolności do zginania i odkształcania. Zespół Lynn Zechiedrich z Baylor College of Medicine zastosował kryo-mikroskopię elektronową (cryo-EM) oraz analizę bioinformatyczną […]

Czytaj więcej

Fuzje chromosomów uruchamiają powrót genomu do stanu diploidalnego

A22209

Międzynarodowy zespół kierowany przez Axela Meyera z Uniwersytetu w Konstancji wykazał, że fuzje chromosomów stanowią kluczowy mechanizm inicjujący rediploidyzację (rediploidization) u organizmów autopoliploidalnych. Badacze przeanalizowali genomy marynek (Schizothoracinae) — wysokogórskich ryb karpiowatych zasiedlających wody Himalajów na wysokościach do 5000 m n.p.m., które stosunkowo niedawno, około 30 milionów lat temu, przeszły duplikację całego genomu. Analiza wykazała, […]

Czytaj więcej

Sinice przerobiły aparat segregacji DNA na cytoszkielet

A22219

Zespół pod kierunkiem Martina Loose z Institute of Science and Technology Austria (ISTA) wykazał, że nitkowate sinice (cyjanobakterie) z rodzaju Anabaena przekształciły w toku ewolucji bakteryjny system segregacji DNA typu ParMR — znany m.in. z plazmidu R1 Escherichia coli — w aparat cytoszkieletowy kontrolujący kształt komórki. W odróżnieniu od formy ancestralnej białko adaptorowe ParR nie […]

Czytaj więcej

Białko MeCP2 odczytuje metylację DNA przez kontakt z DNA łącznikowym nukleosomów

A22250

Badacze z kilku ośrodków ustalili, że MeCP2 — białko kluczowe dla funkcji mózgu i związane z zespołem Retta (ang. Rett syndrome) — rozpoznaje chemiczne znaczniki metylacji DNA nie tylko bezpośrednio, ale też poprzez kontakt z DNA łącznikowym (ang. linker DNA), czyli krótkimi odcinkami helisy łączącymi sąsiednie nukleosomy. Nowe badanie opublikowane w Nature Communications wykazało za […]

Czytaj więcej

Bakteryjny „układ odpornościowy” reguluje transfer genów oporności na antybiotyki

A22207

Naukowcy z John Innes Centre we współpracy z University of York i Rowland Institute at Harvard wykazali, że bakterie przejęły własny „układ immunologiczny” do kontrolowania uwalniania cząsteczek rozprzestrzeniających geny oporności na antybiotyki. Odkryty kompleks białkowy, strukturalnie zbliżony do eukariotycznych białek CARD-NLR (ang. Caspase Activation and Recruitment Domain – Nucleotide-binding Leucine-rich Repeat), reguluje produkcję i uwalnianie […]

Czytaj więcej

AI projektuje allosteryczne przełączniki białkowe działające jak biosensory

A22272

Międzynarodowy zespół kierowany przez prof. Kirilla Aleksandrova z Queensland University of Technology (QUT) wykorzystał uczenie maszynowe (machine learning) do zaprojektowania sztucznych białek pełniących funkcję allosterycznych przełączników molekularnych — aktywujących się wyłącznie w obecności wybranego analitu. W odróżnieniu od naturalnych białek sensorowych nowe konstrukty nie wymagają dużych, globalnych zmian konformacyjnych — wystarczają subtelne zmiany w dynamice […]

Czytaj więcej

Miniaturowy enzym CRISPR edytuje genom z wydajnością ponad 80%

A22237

Zespół naukowców z University of Texas at Austin we współpracy z firmą Metagenomi Therapeutics opracował zmodyfikowany wariant kompaktowego enzymu CRISPR o nazwie Al3Cas12f RKK, który osiąga skuteczność edycji genomu przekraczającą 80%, a w przypadku jednego z badanych loci — nawet 90%. Kluczową zaletą nowego narzędzia jest jego niewielki rozmiar (400–700 aminokwasów), co pozwala na umieszczenie […]

Czytaj więcej

Światło wzmacnia adhezję tkanek roślin kosztem ich wzrostu

A22234

Zespół z Osaka Metropolitan University wykazał, że białe światło zwiększa siłę adhezji pomiędzy epidermą a tkankami wewnętrznymi łodygi etiolowanych sadzonek grochu (Pisum sativum), jednocześnie ograniczając jej wydłużanie. Kluczowym czynnikiem okazał się kwas p-kumarowy (p-coumaric acid), który pod wpływem światła akumuluje się w ścianach komórkowych i – w wyniku oksydacyjnego sprzęgania fenoli – usieciowuje polisacharydy, mechanicznie […]

Czytaj więcej