AI rozszyfrowuje specyficzność TCR i wskazuje nowe autoantygeny

A2247

W Nature Biotechnology opublikowano metodę profilowania rozpoznawania peptydów PRP (peptide recognition profiling), która łączy wysokoprzepustową prezentację peptydów na powierzchni drożdży (yeast display) z dostrojonymi białkowymi modelami językowymi (protein language models, pLM) i pozwala scharakteryzować specyficzność pojedynczego receptora limfocytów T (T-cell receptor, TCR) wobec milionów peptydów. Autorzy zastosowali tę technikę do panelu receptorów limfocytów T restrykcjonowanych […]

Czytaj więcej

Odkryto niemal 1800 ukrytych mikroprotein w ludzkim proteomie

A2292

Międzynarodowe konsorcjum TransCODE przeanalizowało ponad 95 000 analiz proteomicznych i zidentyfikowało 1785 nieznanych dotąd mikroprotein — krótkich białek o długości poniżej 100 aminokwasów — kodowanych przez niekanoniczne otwarte ramki odczytu (ncORFs, non-canonical open reading frames), dotychczas pomijane w standardowej adnotacji genomu. Odkryte cząsteczki, nazwane przez autorów peptydeinami (peptideins), to produkty translacji ncORFs, których rola biologiczna […]

Czytaj więcej

Białko Cas12a2 selektywnie niszczy komórki nowotworowe i zakażone wirusem

A22387

Międzynarodowy zespół naukowców z Utah State University, University of Utah i innych ośrodków zaprezentował nowe zastosowanie białka Cas12a2 z rodziny CRISPR, które — w odróżnieniu od klasycznego Cas9 umożliwiającego precyzyjną edycję genomu — wywołuje masową degradację DNA prowadzącą do śmierci komórki. System rozpoznaje wybrane transkrypty RNA, a po aktywacji generuje liczne pęknięcia dwuniciowe DNA (double-strand […]

Czytaj więcej

Pierwszy system CRISPR kierowany przez DNA celuje w RNA

A2281

Zespół z Hongkońskiego Uniwersytetu Nauki i Technologii (HKUST) opracował — według autorów pierwszy na świecie — system CRISPR-Cas12a kierowany przez syntetyczną cząsteczkę DNA zamiast tradycyjnego RNA naprowadzającego (guide RNA). W klasycznym systemie CRISPR krótki RNA naprowadzający (crRNA) prowadzi enzym do docelowej sekwencji DNA; naukowcy zastąpili go syntetycznym fragmentem DNA — nazwanym crDNA (CRISPR DNA) — […]

Czytaj więcej

Algorytm zaprojektował pożywkę dojrzewającą kardiomiocyty z iPSC

A22106

Naukowcy z University of Toronto opracowali obliczeniowo-eksperymentalną metodę przesiewu 169 formulacji pożywek hodowlanych, która pozwoliła zidentyfikować optymalny skład medium (oznaczonego jako C16) do dojrzewania kardiomiocytów (cardiomyocytes) wyprowadzonych z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC). Komórki hodowane w pożywce C16 wykazywały znacząco lepszą organizację sarkomerów, silniejsze i bardziej regularne skurcze rytmiczne oraz przesunięcie metabolizmu w kierunku fosforylacji […]

Czytaj więcej

Kolejność genów wpływa na superzwijanie DNA i moduluje ekspresję sąsiadów

A2299

Zespół z Massachusetts Institute of Technology kierowany przez Kate Galloway wykazał, że tzw. składnia genowa (gene syntax) — czyli wzajemna orientacja sąsiadujących genów — determinuje lokalne superzwijanie DNA i w konsekwencji moduluje poziom transkrypcji genów położonych nawet 2000 par zasad dalej. Wykorzystując technikę Region Capture Micro-C, badacze zobrazowali, jak aktywacja genu powoduje zwijanie się DNA […]

Czytaj więcej

Metoda prime assembly umożliwia wstawianie dużych fragmentów DNA do genomu bez pęknięć dwuniciowych

A22107

Zespół naukowców z Ohio State University i University of Massachusetts Chan Medical School opracował nową strategię edycji genomu nazwaną prime assembly (PA), która pozwala na wstawianie fragmentów DNA o długości do 11 tysięcy par zasad do genomu komórek ssaków — bez wywoływania pęknięć dwuniciowych (double-strand breaks, DSB). Metoda rozbudowuje technikę twin prime editing (twinPE): liniowe […]

Czytaj więcej

Krwiotwórcze komórki macierzyste niezależnie uciekają przed atakiem immunologicznym

A22109

Zespół badaczy z St. Jude Children’s Research Hospital przeprowadził dotychczas największą analizę klonalnej hematopoezy (clonal hematopoiesis) u pacjentów z niedokrwistością aplastyczną, wykorzystując sekwencjonowanie pojedynczych komórek. Profilowanie genomowe 619 pacjentów wykazało, że aż 69% z nich wykazuje klonalną hematopoezę, przy czym najczęściej zmutowanymi genami u dzieci były BCOR, BCORL1 i ASXL1. Analiza multi-omiczna ponad 304 tysięcy […]

Czytaj więcej

Enzym PapB zamyka peptydy lekowe w trwałe pierścienie

A22132

Naukowcy z University of Utah odkryli, że enzym PapB z grupy maturaz radical SAM potrafi modyfikować C-koniec liniowych peptydów terapeutycznych, tworząc wiązanie tioeterowe z resztą cysteiny i zamykając cząsteczkę w stabilną strukturę makrocykliczną. W przeciwieństwie do klasycznych enzymów modyfikujących peptydy, PapB nie wymaga sekwencji liderowej (leader sequence) do rozpoznania substratu, co czyni go narzędziem uniwersalnym […]

Czytaj więcej

Retrony umożliwiają edycję genomu w 15 gatunkach bakterii

A2293

Wielolaboratoryjne konsorcjum badawcze opracowało uniwersalny zestaw narzędzi do edycji genomu bakterii oparty na retronach (retron-mediated recombineering). Retrony — bakteryjne elementy genetyczne kodujące odwrotną transkryptazę, powiązane z systemami obronnymi prokariontów — połączono z białkami wiążącymi jednoniciowy DNA (single-stranded DNA, ssDNA), tworząc tzw. rekombitrony (recombitrons). Narzędzia te umożliwiają precyzyjne wprowadzanie zmian w chromosomie bakteryjnym na drodze rekombinacji […]

Czytaj więcej