mikrobiologia

Retrony umożliwiają edycję genomu w 15 gatunkach bakterii

A22243

Wielolaboratoryjne konsorcjum badawcze opracowało uniwersalny zestaw narzędzi do edycji genomu bakterii oparty na retronach (retron-mediated recombineering). Retrony — bakteryjne elementy genetyczne kodujące odwrotną transkryptazę, powiązane z systemami obronnymi prokariontów — połączono z białkami wiążącymi jednoniciowy DNA (single-stranded DNA, ssDNA), tworząc tzw. rekombitrony (recombitrons). Narzędzia te umożliwiają precyzyjne wprowadzanie zmian w chromosomie bakteryjnym na drodze rekombinacji […]

Czytaj więcej

Gyraza bakteryjna rozpoznaje DNA przede wszystkim po jego kształcie

A22307

Nowe badanie opublikowane w Nature Communications pokazuje, że gyraza DNA (DNA gyrase) z Escherichia coli wybiera miejsca wiązania na chromosomie nie tyle na podstawie sekwencji nukleotydowej, ile na podstawie fizycznych właściwości heliksu — jego elastyczności, zdolności do zginania i odkształcania. Zespół Lynn Zechiedrich z Baylor College of Medicine zastosował kryo-mikroskopię elektronową (cryo-EM) oraz analizę bioinformatyczną […]

Czytaj więcej

Sinice przerobiły aparat segregacji DNA na cytoszkielet

A22280

Zespół pod kierunkiem Martina Loose z Institute of Science and Technology Austria (ISTA) wykazał, że nitkowate sinice (cyjanobakterie) z rodzaju Anabaena przekształciły w toku ewolucji bakteryjny system segregacji DNA typu ParMR — znany m.in. z plazmidu R1 Escherichia coli — w aparat cytoszkieletowy kontrolujący kształt komórki. W odróżnieniu od formy ancestralnej białko adaptorowe ParR nie […]

Czytaj więcej

Bakteryjny „układ odpornościowy” reguluje transfer genów oporności na antybiotyki

A22260

Naukowcy z John Innes Centre we współpracy z University of York i Rowland Institute at Harvard wykazali, że bakterie przejęły własny „układ immunologiczny” do kontrolowania uwalniania cząsteczek rozprzestrzeniających geny oporności na antybiotyki. Odkryty kompleks białkowy, strukturalnie zbliżony do eukariotycznych białek CARD-NLR (ang. Caspase Activation and Recruitment Domain – Nucleotide-binding Leucine-rich Repeat), reguluje produkcję i uwalnianie […]

Czytaj więcej

Sztuczna inteligencja odkrywa tysiące nowych systemów odpornościowych bakterii

A22239

Dwa niezależne zespoły badawcze wykorzystały uczenie maszynowe (machine learning) do przeszukania genomów bakteryjnych w poszukiwaniu białek zaangażowanych w obronę przed wirusami bakteryjnymi — bakteriofagami. Zespół Petera DeWeirdta opracował narzędzie DefensePredictor, wytrenowane na danych z 17 000 genomów bakteryjnych, które w analizie około tysiąca genomów zidentyfikowało blisko 3000 nowych grup białek obronnych — funkcję antyfagową potwierdzono […]

Czytaj więcej

„Komórki zombie” — przeszczep genomu ożywia martwe bakterie

A22264

Zespół z J. Craig Venter Institute opracował metodę przeszczepiania całego genomu (whole genome transplantation, WGT) do martwych komórek bakteryjnych, tworząc pierwsze żywe komórki syntetyczne zbudowane wyłącznie z nieżywych elementów. Naukowcy uśmiercili komórki Mycoplasma capricolum za pomocą mitomycyny C, która usieciowuje DNA i trwale inaktywuje genom biorcy, a następnie wprowadzili do nich syntetyczny genom Mycoplasma mycoides. […]

Czytaj więcej