biologia molekularna

Białko Cas12a2 selektywnie niszczy komórki nowotworowe i zakażone wirusem

A22629

Międzynarodowy zespół naukowców z Utah State University, University of Utah i innych ośrodków zaprezentował nowe zastosowanie białka Cas12a2 z rodziny CRISPR, które — w odróżnieniu od klasycznego Cas9 umożliwiającego precyzyjną edycję genomu — wywołuje masową degradację DNA prowadzącą do śmierci komórki. System rozpoznaje wybrane transkrypty RNA, a po aktywacji generuje liczne pęknięcia dwuniciowe DNA (double-strand […]

Czytaj więcej

Pierwszy system CRISPR kierowany przez DNA celuje w RNA

A22356

Zespół z Hongkońskiego Uniwersytetu Nauki i Technologii (HKUST) opracował — według autorów pierwszy na świecie — system CRISPR-Cas12a kierowany przez syntetyczną cząsteczkę DNA zamiast tradycyjnego RNA naprowadzającego (guide RNA). W klasycznym systemie CRISPR krótki RNA naprowadzający (crRNA) prowadzi enzym do docelowej sekwencji DNA; naukowcy zastąpili go syntetycznym fragmentem DNA — nazwanym crDNA (CRISPR DNA) — […]

Czytaj więcej

Kolejność genów wpływa na superzwijanie DNA i moduluje ekspresję sąsiadów

A22350

Zespół z Massachusetts Institute of Technology kierowany przez Kate Galloway wykazał, że tzw. składnia genowa (gene syntax) — czyli wzajemna orientacja sąsiadujących genów — determinuje lokalne superzwijanie DNA i w konsekwencji moduluje poziom transkrypcji genów położonych nawet 2000 par zasad dalej. Wykorzystując technikę Region Capture Micro-C, badacze zobrazowali, jak aktywacja genu powoduje zwijanie się DNA […]

Czytaj więcej

Gyraza bakteryjna rozpoznaje DNA przede wszystkim po jego kształcie

A22256

Nowe badanie opublikowane w Nature Communications pokazuje, że gyraza DNA (DNA gyrase) z Escherichia coli wybiera miejsca wiązania na chromosomie nie tyle na podstawie sekwencji nukleotydowej, ile na podstawie fizycznych właściwości heliksu — jego elastyczności, zdolności do zginania i odkształcania. Zespół Lynn Zechiedrich z Baylor College of Medicine zastosował kryo-mikroskopię elektronową (cryo-EM) oraz analizę bioinformatyczną […]

Czytaj więcej

Sinice przerobiły aparat segregacji DNA na cytoszkielet

A22249

Zespół pod kierunkiem Martina Loose z Institute of Science and Technology Austria (ISTA) wykazał, że nitkowate sinice (cyjanobakterie) z rodzaju Anabaena przekształciły w toku ewolucji bakteryjny system segregacji DNA typu ParMR — znany m.in. z plazmidu R1 Escherichia coli — w aparat cytoszkieletowy kontrolujący kształt komórki. W odróżnieniu od formy ancestralnej białko adaptorowe ParR nie […]

Czytaj więcej

Miniaturowy enzym CRISPR edytuje genom z wydajnością ponad 80%

A22247

Zespół naukowców z University of Texas at Austin we współpracy z firmą Metagenomi Therapeutics opracował zmodyfikowany wariant kompaktowego enzymu CRISPR o nazwie Al3Cas12f RKK, który osiąga skuteczność edycji genomu przekraczającą 80%, a w przypadku jednego z badanych loci — nawet 90%. Kluczową zaletą nowego narzędzia jest jego niewielki rozmiar (400–700 aminokwasów), co pozwala na umieszczenie […]

Czytaj więcej

Białko DHX29 odczytuje „drugi kod” mRNA i wycisza niestabilne geny

A22231

Zespół naukowców z Uniwersytetu w Kioto odkrył mechanizm, dzięki któremu komórki ludzkie rozróżniają wydajne i niewydajne kodony w mRNA, selektywnie wyciszając te ostatnie. Kluczową rolę w tym procesie odgrywa białko DHX29 — helikaza RNA, która wiąże się z rybosomem odczytującym rzadkie kodony (nonoptimal codons) i rekrutuje kompleks białkowy GIGYF2–4EHP, inicjujący degradację danego transkryptu. Za pomocą […]

Czytaj więcej

WDR44 reguluje agregację alfa-synukleiny w chorobie Parkinsona

A22263

Zespół naukowców z Université Laval i CHU de Québec zidentyfikował białko WDR44 (WD repeat-containing protein 44) jako regulator początkowej agregacji alfa-synukleiny (α-synuclein) na błonie lizosomów — procesu leżącego u podstaw choroby Parkinsona. Wykorzystując optogenetyczny system indukcji agregacji białek o wysokiej rozdzielczości czasowej, badacze wykazali, że wyciszenie ekspresji WDR44 istotnie zmniejsza tworzenie agregatów alfa-synukleiny zarówno w […]

Czytaj więcej

Pasożyt śpiączki afrykańskiej ukrywa się dzięki „molekularnej niszczarce”

A22237

Naukowcy z University of York odkryli białko ESB2, które pozwala pasożytowi Trypanosoma brucei — wywołującemu śpiączkę afrykańską (trypanosomozę) — skutecznie unikać odpowiedzi immunologicznej gospodarza. Białko to działa jak „molekularna niszczarka” (molecular shredder) — selektywnie degraduje transkrypty mRNA genów towarzyszących (ESAG) w miejscu ich powstawania, jednocześnie pozostawiając nienaruszone instrukcje genetyczne kodujące wariantowe glikoproteiny powierzchniowe (variant surface […]

Czytaj więcej